Al funerale di Jay Jameson, Jonah accusa Peter di essere il responsabile della morte di suo padre. Peter si sente in colpa chiedendosi se ha fatto la scelta giusta a non sottoporre Jay alle cure della New U. Anna Maria cerca di consolarlo e Peter gli confida i suoi dubbi sulla New U dopo che Jerry Saltares, un impiegato sottoposto alle loro procedure, ha fatto scattare il suo senso di ragno. Anna Maria gli dice che deve trovare delle risposte accompagnando Peter a casa di Saltares. I due vengono accolti dalla moglie che disperata dice che Jerry ha iniziato a stare malissimo per aver saltato la pillola prescritta ed è stato portato via dalla New U. La donna mostra un video che ha fatto con il cellulare a suo marito e Peter capisce che Saltares è stato colpito da una degenerazione cellulare, la falla dei cloni di Miles Warren. In serata il nostro eroe nei panni di Spider-Man penetra nei laboratori della New U dove trova in una capsula parte del corpo di Jerry Saltares che si sta rigenerando. Il nostro eroe viene scoperto da Miles Warren il quale fugge avvertendo la sicurezza. Nel giro di pochi secondi Spider-Man viene attaccato da Rhino e la nuova Electro ma riesce a sconfiggerli velocemente. Entrato in una stanza riservata il nostro protagonista prima si trova di fronte a Gwen Stacy e poi viene afferrato dal tentacoli del Dottor Octopus.
